Повнотекстові вільні молекули. Вплив димеризації на фармакокінетику та активність
3D-модель та амінокислотна послідовність Lst-HDD. (А) Теоретична модель гомодимера Lst-HDD. Каталітичний домен лізостафіну забарвлений у зелений колір, домен, що зв’язує пептидоглікан з лізостафіном, блакитно-блакитний, домен димеризації - синій, а спейсер - жовтий. Модель була побудована в PyMOL (Schrödinger LLC, США) на основі запису PDB 4LXC. (B) Амінокислотна послідовність Lst-HDD. Колірна гамма як у (А).
SDS-PAGE та хроматографія виключення розмірів (SEC) Lst-HDD. (A) SDS-PAGE очищеного лізостафіну (доріжка 1) та Lst-HDD (доріжка 2); смуга М містить стандарти молекулярної маси з їх молекулярними вагами, зазначеними ліворуч (B) SEC хроматограмою Lst-HDD. На вході показано калібрування молекулярної маси колони.
Очищення клітинної суспензії S. aureus ATCC 29 213 через різні концентрації лізостафіну (A) або Lst-HDD (B). Концентрації лізостафіну становлять 2 мкг/мл (синій), 1 мкг/мл (помаранчевий), 0,5 мкг/мл (сірий), 0,25 мкг/мл (жовтий) і контроль без лізостафіну (чорний); Концентрації Lst-HDD складають 12 мкг/мл (синій), 6 мкг/мл (оранжевий), 3 мкг/мл (сірий), 1,5 мкг/мл (жовтий), 0,75 мкг/мл (світло-блакитний), 0,38 мкг/мл (зелений) та управління без Lst-HDD (чорний). Наведені середні значення експериментів n = 3 (лізостафін) або n = 2 (Lst-HDD), смужки помилок представляють стандартне відхилення.
Залишкові концентрації лізостафіну (синій, кружки) та Lst-HDD (апельсин, трикутники) у плазмі щурів. Показані середні значення для n = 4 щурів, стовпчики помилок - стандартне відхилення.
Анотація
1. Вступ
5 год та 11,3 год відповідно [22]. Швидка швидкість виведення антибактеріальних лізинів призводить до необхідності багаторазового введення та/або збільшення доз білка для досягнення бактеріальної ерадикації [23,24]. Таким чином, було б бажано створити варіанти лізину зі збільшеним часом перебування в системному кровообігу.
2. Результати та обговорення
2.1. Створення димеризованої версії лізостафіну
2.2. Lst-HDD переважно існує як димер
16 кДа. Перші два піки, ймовірно, відповідають димерним та мономерним видам Lst-HDD відповідно. Хоча їх розрахункові молекулярні маси є
35 кДа, різницю, ймовірно, можна пояснити нібито витягнутою формою Lst-HDD, змушуючи її елююватися швидше, ніж глобулярні білки відповідної молекулярної маси. Таким чином, Lst-HDD справді зміг димеризуватися, хоча не всі молекули утворювали димери. Однак мобільна фаза в експериментах з ексклюзивною хроматографією за розмірами містила 0,5 М NaCl. Висока концентрація солі послаблює електростатичні взаємодії. Оскільки електростатичні взаємодії відіграють значну роль у димеризації обраного домену димеризації [33], очікується більша частка димеризованих молекул Lst-HDD в умовах низької солі. В якості альтернативи, причиною неповної димеризації Lst-HDD може бути неправильне згортання частини молекул.
2.3. Бактеріолітична, але не каталітична активність лізостафіну залежить від димеризації
2.4. Дімеризація покращує фармакокінетичні характеристики лізостафіну
50 мкг/мл. Однак у першій точці відбору проб 25 хвилин після ін’єкції залишалося лише 2,8 ± 0,2 мкг/мл лізостафіну та 1,6 ± 0,1 мкг/мл Lst-HDD. Таким чином,
3. Матеріали та методи
3.1. Клонування, експресія та очищення
3.2. Розмір хроматографії
3.3. Каталітична активність
3.4. Мінімальна інгібуюча концентрація
3.5. Стафілолітична активність
1,2 × 10 9 КУО/мл) і 180 мкл суспензії переносили в лунки на 96-лунковому планшеті. Платівку інкубували при 37 ° C і 400 об/хв протягом 10 хв, і в лунки додавали 20 мкл різних концентрацій лізостафіну або Lst-HDD. Каламутність суспензії контролювали протягом 1 год при 37 ° С з повільним струшуванням, вимірюючи з інтервалами в 1 хв на довжині хвилі 550 нм, використовуючи зчитувач мікропланшетів Multiscan FC (Thermo Fischer Scientific, Waltham, MA, USA). Вимірювання для кожної концентрації білка в рамках експерименту проводили в трьох примірниках, і експеримент проводили три (лізостафін) або два (Lst-HDD) рази. Для порівняння стафілолітичної активності між білками дані обробляли наступним чином. Для кожної концентрації білка визначали час, необхідний для зменшення каламутності суспензії на 50% (час напівчистки), а залежність між концентрацією білка та часом напівчистки наближали за допомогою функції степенного закону. Потім цю калібрувальну криву використовували для оцінки часу напівчистки для 50 нМ білка.