CS 466 Вступ до біоінформатики; Мухаммед Ель-Кебір

Семестр Осінь 2020
Інструктор Професор Мохаммед Ель-Кебір
ТА Сара Крістенсен (sac2), Уеслі Вей Цянь (weiqian3)
Час WF 2: 00-3: 15 PM
Місцезнаходження Масштабування: [посилання] (PW на площі, починаючи з 2-го тижня)
Робочий час Середа 15: 15-4: 15 вечора в 3216 Центрі Зібеля
Графік роботи ТА Понеділок, 3-4 вечора; П’ятниця 9-10 ранку на Zoom [посилання]
Пьяцца [посилання]

задач Середньостроковий

Опис Курсу

Цей курс представляє основні проблеми та алгоритмічні підходи в обчислювальній біології. Серед охоплених тем:

  1. вирівнювання послідовності,
  2. складання геному,
  3. філогенетика,
  4. узгодження зразків,
  5. геноміка раку.
Цей курс буде ні навчить вас керувати популярними інструментами біоінформатики. Швидше, ми зосередимось на основних алгоритмічних ідеях та проблемах, що виникають при переведенні біологічної проблеми в обчислювальну проблему і, зрештою, точний інструмент для використання біологами. Крім того, цей курс навчить вас читати наукові праці та пропонувати та проводити незалежні дослідження.
Книга: Джонс і Певзнер, Вступ до біоінформатики Algorihms.

Передумови

Класифікація

Магістранти отримають 3 кредити для студентів; аспіранти можуть записатись на 3 або 4 аспірантури.

Студенти з 3 кредитами:

  • П'ять наборів задач (30%)
  • Середньостроковий (25%)
  • Фінал (25%)
  • Командний (3-4 людини) міні-проект та звіт (20%)
Студенти з 4 кредитами:
  • П'ять наборів задач (20%)
  • Середньостроковий (25%)
  • Фінал (25%)
  • Невеликий міні-проект на основі команди (1-2 особи) та звіт (30%)

Розклад курсів

Це попередній графік, який може бути змінений.